A hidrografia de São Joaquim

O município é banhado pela bacia do Rio Pelotas, seu principal rio, tendo como afluentes: Lavatudo, Mantiqueira, São Mateus, Sumidouro (Paisano), Antonina , Invernadinha e Postinho.
O rio Pelotas e o rio Lavatudo nascem no município de Urubici (Caimbora), O rio Lavatudo deságua no Rio Pelotas, em São João de Pelotas (rios que formam a bacia do Uruguai). Já o rio Antonina tem sua nascente no Parque Nacional da Maçã, seguindo seu curso até aEstância do Meio onde desemboca no Rio Lavatudo. É do Rio Antonina que a água, depois de tratada, abastece toda a cidade.
O Rio São Mateus nasce no bairro Bandeira e deságua no Rio Lavatudo, na Estância do Meio, (este rio hoje se encontra poluído).
O Rio Postinho nasce na localidade de Cruzeiro e deságua no Rio Pelotas na localidade de Luizinho. Para que o abastecimento de água no perímetro urbano seja mantido em quantidade e qualidade desejáveis, faz-se necessário manter os mananciais do Córrego Boava e do Rio Antonina em constante preservação.
Na localidade de Sumidouro (Rincão do Tigre) nasce o Rio Sumidouro, recebendo este nome até São Miguel do Caiamba, a partir daí até desembocar no Lavatudo em Santa Isabel, é denominado Paisano.
O Rio Mantiqueira nasce na cidade de Bom Jardim da Serra e deságua no Rio Pelotas, na localidade de Despraiado.